সুলতানি আমলে বাংলার রাজধানী ছিলো সোনারগাঁও। মুঘল আমলের মধ্যেভাগে ঢাকা শহরের গোড়াপত্তন শুরু হয়। ১৫৭৬ সালে সম্রাট আকবর বাংলা জয় করে এর নাম দেন সুবা বাংলা। এই সময় বাংলায় বারো ভূঁইয়াদের আগমন ঘটে। সম্রাট জাহাঙ্গীরের সেনাপতি সুবেদার ইসলাম খান চিশতি চূড়ান্ত ভাবে বারো ভূঁইয়াদের দমন করে ১৬১০ সালে ঢাকাকে বাংলার রাজধানী ঘোষণা করেন এবং এর নাম দেন জাহাঙ্গীরনগর। এর পরে ১৬৬০ সালে মীর জুমলা পুনরায় বাংলার রাজধানী করে ঢাকা।